宇宙世紀0087年。地球連邦とジオン公国の戦争終結から７年。連邦政府は腐敗し、軍部のエリート組織「ティターンズ」が勢力をひろげつつあった。
　スペースコロニー・グリーンノアの少年カミーユ・ビダンは、女のような自分の名前を侮辱したティターンズの士官ジェリド・メサと争い、彼のモビルスーツ、ガンダＭｋ－IIを強奪する。
　追われる身となったカミーユはティターンズに対抗する連邦軍内の反地球連邦組織「エゥーゴ」に迎えられる。そこには、かつての赤い彗星、いまはクワトロ・バジーナと名乗るシャア・アズナブルが参加していた。やがてエゥーゴには元ホワイト・ベースのクルー、ブライト・ノアや、ハヤト・コバヤシ、長い幽閉生活から目覚めたアムロ・レイが集い、協調していく。

　宇宙世紀0088年。地球連邦軍内のエゥーゴとティターンズの戦いであるグリプス戦役が終結して数日後。ハマーン・カーン率いるジオン公国残党組織アクシズは、ネオ・ジオンと名を変え、ついに地球圏の制覇に乗り出す。ティターンズにはかろうじて勝ったものの、深く傷ついたエゥーゴの主力戦艦アーガマは、その船体を休めるべくサイド１のコロニー、シャングリラに向かった。
　そんなおり、シャングリラでジャンク屋を営む少年ジュドー・アーシタが、Ｚガンダムを盗み出し一儲けをしようとアーガマに潜入する。偶然から搭乗したＺガンダムでネオ・ジオンに立ち向かったジュドーは、アーガマの艦長ブライトからパイロットに勧誘される。

　宇宙世紀0093年。行方不明となっていたシャア・アズナブルはネオ・ジオンを再興し、地球連邦政府に宣戦を布告した。地球への隕石落としによる地球寒冷化作戦を実行に移した新生ネオ・ジオン軍に対して、ブライト・ノアが指揮するロンド・ベル隊は孤立無援の戦いを強いられる。そこには、シャアのライバルであるアムロ・レイの姿もあった。しかし、彼らの善戦も空しく、小惑星５thルナは地球へ落下していく。
　シャアの動向に脅威を感じたアムロは、サイコフレームを組み込んだモビルスーツ・ν（ニュー）ガンダムを受け取るため、開発主任のチェーン・アギが待つ月へと向かった。
　その頃、ブライトの息子ハサウェイ・ノアは、宇宙に上がる途中でクェス・パラヤに出会い、彼女に惹かれる。

　宇宙世紀0096年。『シャアの反乱』から３年、一年戦争から続く戦乱の世は、表面上には平穏を取り戻しているかのように見えた。
　工業スペースコロニー〈インダストリアル７〉に住む少年バナージ･リンクスは、ある日、オードリー・バーンと名乗る謎の少女と出会う。彼女は、ビスト財団とネオ・ジオン残党軍『袖付き』による『ラプラスの箱』の取引を止めようと、単身行動を起こしたのだ。彼女に対し、協力するバナージ。だが、同じく取引を妨害するため乗り込んだ地球連邦軍と『袖付き』との戦闘により、コロニーは戦場と化してしまう。オードリーを探して戦火を走り抜けるバナージは、『ラプラスの箱』の鍵となる純白のモビルスーツ、ユニコーンガンダムとの運命的な出会いを果たす。

『ラプラスの箱』とは何か―。
『箱』の抱く秘密とは何か―。
今、宇宙世紀 百年の呪いが解かれようとしていた。

　宇宙世紀0123年。新興コロニー群フロンティア・サイドのコロニーのひとつ、 フロンティアⅣに、突如として謎のMS部隊が侵入する。クロスボーン・バンガードを標榜する彼らと連邦軍駐留部隊の交戦によって、コロニー内は大混乱に陥る 。
　フロンティアⅣのハイスクールに通うシーブック・アノーは、妹のリィズや同級生たちとともに、戦火を免れるためコロニーを脱出した。そのさなか、同級生のひとりセシリー・フェアチャイルドが行方不明になってしまう。彼女を探す暇も与えられず、スペース・ボートでフロンティアⅣから脱出するシーブックたち 。
　その頃セシリーは、祖父マイッツァー・ロナと、鉄仮面と名を変えた父カロッゾ・ロナとの再会を果たしていた。彼女は、自らがクロスボーン・バンガードを率いるロナ家の一員であるという事実と直面し、苦悩する。