ジオン独立戦争―”一年戦争”から7年の歳月が流れた。連邦のエリート集団ティターンズは、ジオンの残党狩りを名目に、スペースノイド弾圧を開始。これに反抗する反連邦組織エゥーゴに参加したシャアは、ティターンズが新型MSをテストするコロニー、グリーンオアシスに潜入した。ちょうどその頃、ティターンズの兵士ともめ事を起こした少年カミーユがその新型、ガンダムMk-IIを強奪。シャアと合流した彼は、やがてZガンダムに乗り込み、悲しみ広がる宇宙を駆け巡るのだった・・・。